Né à Mulhouse, Jean-Alain Fanchone a rejoint le centre de formation du Racing dès l'âge de 13 ans avec lequel il a remporté la Coupe Gambardella en 2006. Il signe son premier contrat professionnel en mars 2008. Après plusieurs saisons au RCS et un transfert avorté vers le LOSC, il est prêté en 2010 pour une saison à Arles-Avignon. Après la liquidation en 2011 du RCS, il signe à l'Udinese en Serie A puis est prêté à Watford en 2012.
C'est depuis la ville anglaise que Jean-Alain Fanchone sera invité en direct jeudi sur RBS 91.9 FM.